Uppsala Akademiförvaltning är indelad i verksamhetsgrenarna jordbruk, skogsbruk, fastighetsförvaltning avseende bostäder och lokaler, finansförvaltning samt en gemensam avdelning för personal och ekonomi.
Verksamheten leds av en verkställande direktör biträdd av cheferna för respektive avdelning – jordbrukschefen, skogschefen och fastighetschefen. Chef för finansförvaltningen är VD.